Główne funkcje programu, to wystawianie i ewidencja dokumentów sprzedaży (nie tylko faktur VAT, ale także rachunków, paragonów i faktur korygujących), współpraca z dużą liczbą drukarek fiskalnych (możliwość seryjnego drukowania dokumentów handlowych), kontrolowanie zobowiązań oraz uproszczone rozliczenia z klientami, drukowanie i ewidencja przelewów pieniężnych (korzystając z kilku dostępnych wzorców wydruku).Ponadto aplikacja dysponuje szeregiem przydatnych dla użytkownika kartotek i rejestrów, umożliwiających stworzenie list, które ułatwiają prowadzenie firmy. Kartoteki te, to: kartoteka towarów i usług (stworzenie listy towarów i usług, oferowanych przez przedsiębiorstwo oraz ich cennik), kartoteka klientów, rejestr dokumentów handlowych (takich jak faktury, rachunki, paragony oraz korekty), czy rejestr przelewów. Bazując na danych z wymienionych wyżej kartotek, WF-Fakturka może wyselekcjonować informacje szczególnie ważne dla użytkownika i przedstawić je w postaci zestawienia. Dostępne wydruki, to: oferta handlowa, lista kontrahentów, rejestr dokumentów handlowych, rejestr VAT sprzedaży, rejestr faktur niezapłaconych, rejestr przelewów, a także sprzedaż w wybranym okresie.